В типовой бухгалтерии ред. 3.0 в документе "Отчет комиссионера" при возврате товара покупателем комиссионеру НДС восстанавливается на счет 19.04 (как и комиссионное вознаграждение), однако некоторые пользователи полагают необходимым отражать его на сч. 19.03.

Если Вы хотите, чтобы НДС восстанавливался на сч. 19.04, Вы можете использовать расширение для типовой бухгалтерии ред 3.0, ссылка на которое есть в конце статьи.

Описанное справедливо для релизов 3.0.52.39, 3.0.52.42, возможно последующих. Проводка по НДС по возвращенному товару делается на "СчетУчетаНДС", который указан для комиссионного вознаграждения.

При этом в движениях по регистру НДС предъявленный счет НДС ставится 19.03

 Соответственно при наступлении условий для принятия НДС к  вычету он списывается со сч. 19.03, где образуется "красной" сальдо, а на сч. 19.04 - недосписанный остаток

 Экспресс-проверка при этом показывает расхождение в остатках НДС по приобретенным ценностям по сч. 19 и подсистеме учета НДС

Технически это происходит потому, что счет НДС в проводдке по возврату четко равен счету учета НДС всего докемента, а не счету учета для строки возврата:

 В результате настройка счета НДС, заданная в счетах учета номенклатуры, игнорируется:

Для того, чтобы НДС учитывался на счете 19.03 и не было описанных выше последствий, Вы можете скачать и установить

расширение для типовой бухгалтерии 3.0, которое в проводках по НДС по возвращеннму товару в документе Отчет комиссионера устанавливает сч 19.03 вместо сч 19.04

Это расширение в проводках по НДС по возврату товаров проверяет содержание проводки - "Возврат отгруженных товаров от покупателя", и если счет дебета 19.04, устанавливает счет 19.03.